ഗീവറുഗീസ് ദ്വിതീയന്‍ കാതോലിക്കാ ബാവാ തിരിച്ചെത്തിയശേഷം 1934-ല്‍ തന്നെ അസോസിയേഷന്‍ കോട്ടയം എം.ഡി. സെമിനാരിയില്‍ നടന്നു. മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്താ സ്ഥാനം അദ്ദേഹത്തില്‍ നിക്ഷിപ്തമായി. പാത്രിയര്‍ക്കീസ് പക്ഷം കരിങ്ങാശ്ര ഒരു യോഗം നടത്തി. അവര്‍ക്കും മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തായും കൂട്ടു ട്രസ്റ്റികളും ഉണ്ടായി. ഏതു യോഗമാണ് സാധുതയുള്ളതെന്നും, ആരാണു യഥാര്‍ത്ഥ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്തായെന്നുള്ളതും തര്‍ക്ക വിഷയമായി. പാത്രിയര്‍ക്കീസ് പക്ഷത്തെ മലങ്കര മെത്രാപ്പോലീത്താ മാര്‍ അത്താനാസ്യോസ് ഒന്നാം വാദിയും ഫാദര്‍ ജോസഫ് പൂക്കുന്നേല്‍ (വൈദിക ട്രസ്റ്റി) രണ്ടാം വാദിയായും തുകലന്‍ പൗലോ അവിരാ (അത്മായ ട്രസ്റ്റി) മൂന്നാം വാദിയായും 1938-ല്‍ കാതോലിക്കാ ബാവായേയും കൂട്ടു ട്രസ്റ്റികളെയും പ്രതികളാക്കി കോട്ടയം ഡിസ്ട്രിക്ട് കോര്‍ട്ടില്‍ അന്യായം ഫയല്‍ ചെയ്തു. ഈ കേസ് വിസ്താരം 1943-ല്‍ ആണ് അവസാനിച്ച് വിധിയുണ്ടായത്. അതിനിടയിലും പല സന്ധിയാലോചനകള്‍ നടന്നു. അതില്‍ പ്രാധാന്യം അര്‍ഹിക്കുന്നത് ആലുവാ വട്ടമേശ സമ്മേളനമാണ്.

ഈ സന്ധിയാലോചനകളുടെ പിന്നില്‍ വര്‍ത്തിച്ചതും കെ. സി. ചാക്കോ ആയിരുന്നു. ആരോഗ്യപരമായ പരിമിതികള്‍ മൂലം രണ്ടു പക്ഷത്തുള്ള നേതാക്കളെ ഒരുമിച്ചുകൊണ്ടുവരുവാനുള്ള ശ്രമമാണ് അണിയറയില്‍ നിന്ന് അദ്ദേഹം നിര്‍വഹിച്ചത്. ഇക്കാര്യത്തില്‍ ഓടി നടന്നു പലരെ കാണാനും മറ്റും അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ പ്രാര്‍ത്ഥനാ ഗ്രൂപ്പുകളില്‍ പെട്ടവര്‍ പ്രവര്‍ത്തിച്ചിരുന്നു. ഔഗേന്‍ മാര്‍ തീമോത്തിയോസ് മെത്രാപ്പോലീത്താ പാത്രിയര്‍ക്കീസ് പക്ഷത്തു നിന്ന് അതിനുവേണ്ടി ശക്തമായി പ്രവവര്‍ത്തിച്ച ആളാണ്. തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയില്‍ പാത്രിയര്‍ക്കീസ് പക്ഷത്തെ നേതാക്കള്‍ ആലോചന നടത്തിയപ്പോള്‍ കാതോലിക്കാ പക്ഷത്തെ തിരുമേനിമാരും നേതാക്കളും ആലുവാ കോളജില്‍ സമ്മേളിച്ചു. സംയുക്ത സമ്മേളനങ്ങളും കോളജിലാണു നടന്നത്. പ. ഗീവറുഗീസ് ദ്വിതീയന്‍ കാതോലിക്കാ ബാവാ തന്നെ കോളജില്‍ എത്തി താമസിച്ചു. സന്ധിവ്യവസ്ഥകള്‍ രണ്ടു കക്ഷികളും ഒപ്പിട്ടു രാജി ഹര്‍ജിയുടെ ഭാഗമായി സമുദായക്കേസില്‍ സമര്‍പ്പിക്കാനും തീരുമാനിച്ചു. ചര്‍ച്ചകള്‍ ഇത്രയും പുരോഗമിച്ചപ്പോള്‍ അതു നടപ്പില്‍ വരുത്തുന്നതിനുള്ള പ്രഥമഘട്ടം സമാഗതമായി. പ. ഗീവറുഗീസ് ദ്വിതീയന്‍ ബാവായുടെ സഭാ സ്നേഹവും ത്യാഗസന്നദ്ധതയും വെളിപ്പെട്ട ഒരു മഹത്തായ സന്ദര്‍ഭമായിരുന്നു അത്.

ഞാന്‍ ചിന്തിക്കാറുണ്ട്, പ. ഗീവറുഗീസ് ദ്വിതീയന്‍ ബാവായുടെ വിജയത്തിനെല്ലാം നിദാനമായിത്തീര്‍ന്നത് തിരുമേനി അവിടെ പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ച അനുഗൃഹീതമായ വിനയവും ത്യാഗോജ്വലമായ സമീപനവുമാണെന്ന്. പ. ഔഗേന്‍ തിരുമേനിയെപ്പോലെ ഒരു വിനയ സമ്പന്നനായിരുന്നു അദ്ദേഹമെന്ന് ആരും പറയുകയില്ല. എന്നാല്‍ സന്ദര്‍ഭത്തിനൊത്തുയരാനും ആരാദ്ധ്യമായ നിലപാട് സ്വീകരിക്കാനും ദൈവദത്തമായ ഒരു കഴിവ് അദ്ദേഹം പലയവസരങ്ങളില്‍ പ്രദര്‍ശിപ്പിച്ചിരുന്നു. അതില്‍ ഏറ്റവും ഹൃദയംഗമായി അനുസ്മരിക്കേണ്ട ഒന്നാണ് ആലുവാ വട്ടമേശ സമ്മേളനഫലമായി അദ്ദേഹം സ്വീകരിക്കാന്‍ സന്നദ്ധമായ ത്യാഗോജ്വല നടപടി.

അബ്രഹാം ഇസ്സഹാക്കിനെ ബലികഴിക്കാന്‍ പോയ അവസരത്തില്‍ ആ പിതാവിനുണ്ടായിരുന്ന വികാരമെന്തായിരിക്കണം. അതു തന്നെയാണ് ബാവായുടെ ഹൃദയത്തെ ഒരവസരത്തില്‍ മഥിച്ചത്. ബാവായ്ക്കുള്ള പട്ടത്തിന്‍റെ സാധുതയെക്കുറിച്ചു തനിക്കു യാതൊരു സംശയവുമുണ്ടായിരുന്നില്ല. എങ്കിലും തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയിലെത്തി പള്ളി മദ്ബഹായില്‍ പാത്രിയര്‍ക്കീസ് ബാവാ അയച്ച ഒരു പ്രാര്‍ത്ഥന അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ സഹപാഠി ആയിരുന്ന അത്താനാസ്യോസ് മെത്രാച്ചന്‍ ചൊല്ലി സ്വീകരിക്കണമെന്നുള്ള വ്യവസ്ഥ അംഗീകരിച്ച് ആ കര്‍മ്മത്തില്‍ പങ്കെടുക്കാന്‍ അദ്ദേഹം സമ്മതിച്ചു. സഭയുടെ യോജിപ്പും, സ്വാതന്ത്ര്യ സംരക്ഷണവും സാധിക്കുന്നതിനുള്ള ഏക മാര്‍ഗമതാണെങ്കില്‍ അതിനു തലവണങ്ങാന്‍ അദ്ദേഹം സന്നിഹിതനായി പ്രാര്‍ത്ഥനയുടെ നക്കല്‍ അദ്ദേഹം കാണുകയും പരിശോധിക്കുകയും ചെയ്തു. പട്ടംകൊട വാചകമൊന്നുമില്ലെങ്കിലും പരിശുദ്ധാത്മ നല്‍വരത്തെക്കുറിച്ചുള്ള പരാമര്‍ശനം അടങ്ങിയതായിരുന്നു ആ പ്രാര്‍ത്ഥന. ആദ്യം തിരുമേനിയും കൂടെയുള്ള മെത്രാന്മാരും ആ സ്വീകരണ പ്രാര്‍ത്ഥനയില്‍ സംബന്ധിക്കണമെന്നായിരുന്നു വ്യവസ്ഥ. ബാവാ അതിനും എതിരു പറഞ്ഞില്ല. ചില മെത്രാന്മാര്‍ അതില്‍ വൈമനസ്യം പ്രകടിപ്പിച്ചു. ബാവാ തന്നെ സ്വീകരണ പ്രാര്‍ത്ഥനയില്‍ സംബന്ധിച്ചശേഷം മറ്റു മെത്രാന്മാരുടെ കാര്യത്തില്‍ ബാവാ സ്വീകരണ പ്രാര്‍ത്ഥന നടത്തിയാല്‍ മതിയെന്നുള്ള ഭേദഗതി അവതരിപ്പിക്കപ്പെട്ടു. ദീര്‍ഘമായ ആലോചന നടത്തിയ ശേഷമാണ് മാര്‍ അത്താനാസ്യോസും മാര്‍ യൂലിയോസും അതിനു സമ്മതം മൂളിയത്. വലിയ പ്രസിദ്ധീകരണമൊന്നും കൂടാതെ രഹസ്യമായി ഈ കര്‍മ്മം നിര്‍വഹിക്കാമെന്നായിരുന്നു പരസ്പര സമ്മതം. അതുകൊണ്ടു രാത്രിയിലാണ് ബാവാ തിരുമേനി തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയില്‍ എത്തുന്നതിനു ക്രമീകരിച്ചിരുന്നത്. ബാവാ കോളജില്‍ നിന്നു യാത്ര തിരിച്ചപ്പോള്‍അദ്ദേഹത്തിന്‍റെ മനോവൈഷമ്യം അറിഞ്ഞിരുന്ന നേതാക്കള്‍ വാവിട്ടു കരഞ്ഞു. ചിലര്‍ പോകുന്നതിനെ തടസ്സപ്പെടുത്തി. താന്‍ സ്ഥാനം ഒഴിഞ്ഞു മാറി നിന്നേക്കാം. സമാധാനത്തിനുവേണ്ടി മറ്റാരെങ്കിലും കാതോലിക്കോസായി വാഴിക്കാന്‍ തിരുമേനി നിര്‍ദ്ദേശിച്ചതാണ്.

തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയില്‍ ഇതേ സമയം മറ്റൊരു വടംവലിയാണു നടന്നത്. കാതോലിക്കാ പക്ഷത്തെ എല്ലാ തിരുമേനിമാരും സ്വീകരണപ്രാര്‍ത്ഥനയില്‍ സംബന്ധിക്കണമെന്നുള്ള വാദത്തില്‍ നിന്നു മാര്‍ യൂലിയോസിനെ പിന്തിരിപ്പിക്കാന്‍ വളരെ ശ്രമം വേണ്ടി വന്നു. അവസാനം അദ്ദേഹം ബാവാ മാത്രം മതിയെന്നു സമ്മതിച്ചു. ആ വിവരം അറിഞ്ഞു കഴിഞ്ഞാണ് ബാവാ കോളജില്‍ നിന്നു പുറപ്പെട്ടത്. എന്നാല്‍ തൃക്കുന്നത്തു സെമിനാരിയില്‍ ചെന്നപ്പോള്‍ മാര്‍ യൂലിയോസ് പോയിക്കഴിഞ്ഞിരുന്നു. മാര്‍ അത്താനാസ്യോസിന്‍റെ നേതൃത്വത്തില്‍ സ്വീകരണം നടത്തിയാല്‍ മതിയെന്നു പറഞ്ഞാണത്രെ അദ്ദേഹം സ്ഥലംവിട്ടത്. എന്നാല്‍ തനിയേ അത് നിര്‍വഹിക്കാന്‍ ഏര്‍പ്പെടുത്തിയതില്‍ സംശയാലുവായിത്തീര്‍ന്ന മാര്‍ അത്താനാസ്യോസ് ഉഭയസമ്മതപ്രകാരം സ്വീകരണകര്‍മ്മം നിര്‍വഹിക്കാന്‍ തയ്യാറായില്ല. പിന്നീടുള്ള ചരിത്ര സംഭവങ്ങള്‍ നിരീക്ഷിക്കുമ്പോള്‍, ദൈവത്തിന്‍റെ പ്രത്യക്ഷമായ ഇടപെടല്‍കൊണ്ട് അനാവശ്യമായ ഒരു കീഴ്വഴക്കത്തില്‍ നിന്നു മലങ്കരസഭയെ രക്ഷിക്കയാണു ചെയ്തതെന്നു കാണാം. 1116 മീനം 11-നു ആരംഭിച്ചു 16-നു അവസാനിച്ച വട്ടമേശ സമ്മേളനവും സഭയെ യോജിപ്പില്‍ എത്തിച്ചില്ല.