കൂനന്‍കുരിശ് സത്യത്തെ തുടര്‍ന്ന് നസ്രാണി സമുദായം മുഴുവനായി തോമ്മാ അര്‍ക്കദിയാക്കോനെ സഭാതലവനായും ഭരണകര്‍ത്താവായും അംഗീകരിക്കുകയും ഭരണസഹായത്തിനായി വൈദികരായ കുറവിലങ്ങാട് പറമ്പില്‍ ചാണ്ടി, അകപ്പറമ്പ് വേങ്ങൂര്‍ ഗീവര്‍ഗ്ഗീസ്, കടുത്തുരുത്തി കടവില്‍ ചാണ്ടി, കല്ലിശ്ശേരില്‍ ആഞ്ഞിലിമൂട്ടില്‍ ഇട്ടിത്തൊമ്മന്‍ എന്നിവര്‍ ചേര്‍ന്ന കമ്മിറ്റിയെ നിയമിക്കുകയും ചെയ്തു. പിന്നീട് ജൂണ്‍ ഒന്നിന് (ഇടവം 22) ആലങ്ങാട്ട് ചേര്‍ന്ന യോഗത്തില്‍ പന്ത്രണ്ട് പട്ടക്കാര്‍ ചേര്‍ന്ന് തോമ്മാ അര്‍ക്കദിയാക്കോനെ എപ്പിസ്കോപ്പാ സ്ഥാനത്ത് ‘മാര്‍ തോമ്മാ’ എന്ന പേരില്‍ അവരോധിച്ചു.
മലങ്കരസഭ റോമായുടെ അധീശത്വത്തില്‍നിന്നും സ്വയം വിമുക്തമായതില്‍ അന്ധാളിച്ച റോമന്‍ മിഷണറിമാര്‍ മാര്‍ തോമ്മാ ഒന്നാമനെ നിര്‍വീര്യനാക്കുന്നതിനും, മലങ്കരസഭയെ വീണ്ടും റോമിന് വിധേയമാക്കുന്നതിനും പല പ്രകാരേണ പ്രയത്നിച്ചിരുന്നു. പ്രധാനമായും അവര്‍ ഉന്നയിച്ച പ്രധാന ആരോപണം മാര്‍തോമ്മായുടെ സ്ഥാനാരോഹണം ന്യൂനതയുള്ളതായിരുന്നു എന്നതാണ്. 1661-ല്‍ മാര്‍തോമ്മായേയും ഇട്ടിതൊമ്മന്‍ കത്തനാരെയും ബന്ധനസ്ഥരാക്കി വധിക്കുവാനുള്ള ഗൂഢാലോചന നടന്നു. പോര്‍ട്ടുഗീസ് ഭടന്മാരില്‍നിന്നും ജീവരക്ഷാര്‍ത്ഥം മാര്‍തോമ്മാ പലായനം ചെയ്ത് മലയോരങ്ങളില്‍ ചെന്ന് ഒളിച്ചു പാര്‍ത്തു. 1663-ല്‍ മാര്‍ത്തോമ്മായുടെ ഉപദേശക സമിതിയില്‍ അംഗങ്ങളായ കടവില്‍ ചാണ്ടി, പറമ്പില്‍ ചാണ്ടി എന്നീ കത്തനാരന്മാര്‍ റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ സഭയില്‍ ചേര്‍ന്നു. ഇവരില്‍ പറമ്പില്‍ ചാണ്ടിയെ റോമന്‍ കത്തോലിക്കര്‍ മെത്രാനായി വാഴിച്ചു.
സഭയുടെ സ്വാതന്ത്ര്യ സംരക്ഷണാര്‍ത്ഥം ജീവന്‍ തൃണവല്‍ഗണിച്ച് റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ സര്‍വ്വാധിപത്യത്തിനെതിരെ സന്ധിയില്ലാത്ത സമരം ചെയ്ത ധീരസഭാ സേനാനിയായിരുന്നു മാര്‍തോമ്മാ ഒന്നാമന്‍. 1663-ല്‍ ഡച്ചുകാര്‍ കൊച്ചി കൈവശപ്പെടുത്തുകയും റോമന്‍ കത്തോലിക്കാ മിഷനറിമാര്‍ നിഷ്ക്രമിക്കുകയും ചെയ്തതിന്‍റെ ഫലമായി മാര്‍തോമ്മായുടെ വിഷമസന്ധി മാറിത്തുടങ്ങി. 1665-ല്‍ യെരുശലേമിലെ സുറിയാനി പാത്രിയര്‍ക്കീസ് മാര്‍ ഗ്രീഗോറിയോസ് അബ്ദല്‍ ജലീല്‍ കേരളത്തില്‍ എത്തി. ഗ്രീഗോറിയോസ് മാര്‍ തോമ്മായുടെ സ്ഥാനം ക്രമപ്പെടുത്തുകയും സഭയുടെ വിശ്വാസാചാരങ്ങളെ പാശ്ചാത്യ സുറിയാനി പാരമ്പര്യത്തില്‍ കൊണ്ടുവരുന്നതിനു പ്രാരംഭമിടുകയും ചെയ്തു. മാര്‍തോമ്മാ ഒന്നാമന്‍, 1670 ഏപ്രില്‍ 22-നു കാലം ചെയ്ത് അങ്കമാലി ചെറിയപള്ളിയില്‍ കബറടങ്ങി. ‘മഹാനായ മാര്‍തോമ്മാ’ എന്ന് ഇദ്ദേഹം സഭാചരിത്രത്തില്‍ അറിയപ്പെടുന്നു.
