എന്നാല്‍ ഈ ഉത്തരവ് നടപ്പാക്കാന്‍ എത്തിയ വികാരിമാരെ പള്ളിയകത്തു പൂട്ടിയിടുകയും പിന്നീടു മൂവാറ്റുപുഴ ആര്‍ ഡി ഓ എത്തി നിയമ വിരുദ്ധമായി പള്ളി കസ്റ്റടിയില്‍ എടുക്കുകയും പള്ളി പൂട്ടുകയും ചെയ്തു. മൂവാറ്റുപുഴ ആര്‍ ഡി ഓ യുടെ നിയമ വിരുദ്ധ പ്രവര്ത്തനം ചോദ്യം ചെയ്തു ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭാ വൈദീകര്‍ സമര്പ്പി ച്ച WP(c) 26196,26257/2014 ഹര്ജിയും അതോടൊപ്പം യാക്കോബായ സഭ നല്കിയ 38588/2015 ഹര്ജി്യും കേരളാ ഹൈക്കോടതി സിംഗിള്‍ ബഞ്ച് ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭയ്ക്ക് അനുകൂലമായി ഇക്കഴിഞ്ഞ 8 ജനുവരി 2016 നു വിധിക്കുകയുണ്ടായി. ആര്‍ ഡി ഓ ഏറ്റെടുത്ത നടപടി ഡിസ്മിസ് ചെയ്തും പള്ളിയില്‍ റിസീവര്‍ ഭരണം തുടര്ന്നും പള്ളി ആരാധനക്ക് തടസ്സം ഉണ്ടാക്കുന്നവരെ നീക്കുന്നതിനുള്ള പോലീസ് സഹായം റിസീവര്‍ക്ക് നല്കിക്കൊണ്ടായിരുന്നു ഉത്തരവ്.
എന്നാല്‍ ഈ ഉത്തരവ് ചോദ്യം ചെയ്തുകൊണ്ട് യാക്കോബായ സഭാ WA 145,147/2016 ആയി കേരളാ ഹൈക്കോടതിയിലെ ചീഫ് ജസ്റിസ് ബഞ്ചില്‍ ഹര്ജിയ നല്കി. ഈ ഹര്ജി നിലനില്ക്കു്ന്നത് അല്ല എന്ന് കണ്ടെത്തി സിംഗിള്‍ ബഞ്ച് ഉത്തരവ് എത്രയും വേഗത്തില്‍ നടപ്പാക്കുകയാണ് വേണ്ടത് എന്ന നിര്ദ്ദേശത്തോടെ കേസ് 27 ജനുവരി 2016നു തള്ളി..

കേരളാ ഹൈക്കോടതിയിലെ സിംഗിള്‍ ബെഞ്ചും ഡിവിഷന്‍ ബെഞ്ചും ഒരേപോലെ നല്കിയ പോലീസ് സംരക്ഷണ ഉത്തരവിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തില്‍ 2016 ഫെബ്രുവരിയില്‍ പള്ളിയില്‍ വി കുര്ബാന അര്പ്പിക്കാന്‍ എത്തിയ വികരിമാര്ക്കും വിശ്വാസികള്ക്കും അടിസ്ഥാനപരമല്ലാത്ത കാരണങ്ങള്‍ നിരത്തി പോലീസ് സംരക്ഷണം നല്കാതിരിക്കുകയും പള്ളി തുറക്കാന്‍ എത്തിയ റിസീവറെ അസഭ്യം പറയുകയും പള്ളിയുടെ വാതിലില്‍ തുറക്കാതിരിക്കാന്‍ നിരോധിക്കപ്പട്ട യാക്കോബായ സഭയിലെ വൈദീകരുടെ നേതൃത്വത്തില്‍ നിലയുറപ്പിക്കുകയും ചെയ്തുമൂലം പള്ളി തുറക്കാനാവാത്ത സാഹചര്യം ഉണ്ടാവുകയും പള്ളി അടഞ്ഞു കിടക്കുകയും ചെയ്തു. ഇക്കാരണങ്ങള്‍ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി ഓര്ത്തഡോക്‌സ് സഭയിലെ വൈദീകാരായ ഫാ ജോര്ജ് വേമ്പനാട്ടും ഫാ സി കെ ജോണ്‍ കോര്‍ എപ്പിസ്കോപ്പയും കേരളാ ഹൈക്കോടതിയില്‍ പോലീസ് സംരക്ഷണം ആവശ്യപ്പെട്ടു WPC 10565/2016 ഹര്ജി നല്കി. ഈ ഹര്ജി് ഇന്ന് (05.04.2016) കേരളാ ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസ്‌ അനുവദിച്ചു ഉത്തരവായി. ഈ ഉത്തരവ് പ്രകാരം വികാരിമാര്‍ ആവശ്യപ്പെടുന്ന അവസരത്തില്‍ എല്ലാം പള്ളിയിലും പള്ളി അനുബന്ധ സ്ഥാപങ്ങളിലും പോലീസ് സംരക്ഷണം നല്കണം. ഇതുവഴി ഇനി പള്ളിയുടെ പ്രവര്ത്തനം ഭംഗിയായി നടക്കുമെന്നും പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.